AutoDock VinaをARM Macにインストールする方法2024年版

AutoDock Vinaはタンパク質とリガンド等分子の結合をシミュレーションするソフトウエアです。AutoDock Vina v1.2.5をM1 MacのConda環境にインストール際にハマりました。「RとPythonによるデータサイエンス、バイオ・ケモインフォマティクス入門」の記事を参考にインストールを試みましたが、以下の通りエラーがでます。公式マニュアルの "AutoDock Vina installation in a Conda environment" に従っても同じ結果になります。

% conda create -n vina python=3.8
% conda activate vina
% conda install -c conda-forge numpy swig boost-cpp sphinx sphinx_rtd_theme
% pip install vina
Collecting vina

...

Building wheels for collected packages: vina
  Building wheel for vina (pyproject.toml) ... error
  error: subprocess-exited-with-error
  
  × Building wheel for vina (pyproject.toml) did not run successfully.
  │ exit code: 1
  ╰─> [155 lines of output]
      fatal: not a git repository (or any of the parent directories): .git

...


      # error This header is deprecated and will be removed. (You can define BOOST_TIMER_ENABLE_DEPRECATED to suppress this error.)

      1 warning and 2 errors generated.
      error: command '/usr/bin/g++' failed with exit code 1
      [end of output]
  
  note: This error originates from a subprocess, and is likely not a problem with pip.
  ERROR: Failed building wheel for vina
Failed to build vina
ERROR: Could not build wheels for vina, which is required to install pyproject.toml-based projects

いろいろ試した結果、次の方法でインストールできることがわかりました。

環境

• MacBook Pro 2021
• Apple M1 Pro
• MacOS Sonoma 14.4.1
• Miniconda 24.4.0

方法

% conda create -n vina python=3.8
% conda activate vina
% conda install -c conda-forge vina

これだけです。Pipでなく終始condaを使うのがミソです。データの前処理にMeekoを使うならPythonのバージョンを3.5以上3.8以下に指定する必要があります。

% vina --version
AutoDock Vina v1.2.5