AutoDock VinaをLinuxにインストールする方法2024年版

AutoDock VinaをARM Macにインストールする方法2024年版

AutoDock Vinaはタンパク質とリガンド等分子の結合をシミュレーションするソフトウエアです。AutoDock Vina v1.2.5をM1 MacのConda環境にインストール際にハマりました。…

A Bit Technical

AutoDock Vinaはタンパク質とリガンド等分子の結合をシミュレーションするソフトウエアです。先日AutoDock Vina v1.2.5をLinuxにインストール際にハマりました。GitHubの最新ファイルをダウンロード、パーミッション変更し、 ./vina_1.2.5_linux_x86_64 --versionとコマンドを打っても反応ありません。また、公式マニュアルの "AutoDock Vina installation in a Conda environment" に従うと以下の通りエラーが出ます。

% conda create -n vina python=3
% conda activate vina
% conda config --env --add channels conda-forge
% conda install -c conda-forge numpy swig boost-cpp sphinx sphinx_rtd_theme
% pip install vina
Collecting vina

...

Building wheels for collected packages: vina
  Building wheel for vina (pyproject.toml) ... error
  error: subprocess-exited-with-error
  
  × Building wheel for vina (pyproject.toml) did not run successfully.
  │ exit code: 1
  ╰─> [154 lines of output]

...
  
  note: This error originates from a subprocess, and is likely not a problem with pip.
  ERROR: Failed building wheel for vina
Failed to build vina
ERROR: Could not build wheels for vina, which is required to install pyproject.toml-based projects

いろいろ試した結果、次の方法でインストールできることがわかりました。

環境

• Ubuntu 23.10
• x86_64
• Miniconda 24.4.0

方法

以下のコマンドを打ち込むだけです。Pipでなく終始condaを使うのがミソです。

% conda create -n vina
% conda activate vina
% conda install -c conda-forge vina

インストールされたソフトのバージョンは謎めいていますが、ちゃんと起動します。

% vina --version
AutoDock Vina 4c3644e-mod